В 2029 году кибернетические протезы стали обычным делом. Многие меняют руки или ноги на механические, чтобы стать сильнее или быстрее. Среди них — майор Мотоко Кусанаги. Она работает в Девятом отделе, который занимается особо опасными преступлениями. Сейчас её группа пытается выйти на след хакера. Он скрывается в сети и известен под именем Кукловод.